[samtools] bam to sam, sam to bam, bam 파일 변환, samtools view

samtools로 sam, bam 파일 간 변환하는 방법

samtools view

samtools view 를 통해 bam, sam 파일을 서로 쉽게 변환할 수 있습니다.

 

1. BAM to SAM, BAM 파일을 SAM 파일 로 변환

bam -> sam 은 간단하게 view 를 통해 바로 변환할 수 있습니다!

 

 samtools view [in.bam] > [out.sam] 

 

stdout 형태로 화면에 출력되기 때문에 >를 이용해서 output file에 저장될 수 있도록 받아줍니다.

-o 옵션을 통해 저장할 수도 있습니다.

 samtools view [in.bam] -o [out.sam] 

 

 

2. SAM to BAM, SAM 파일을 BAM 파일로 변환

sam -> bam 은 -b 옵션을 통해 변환할 수 있습니다!

 samtools view -b [in.sam] > [out.bam] 

 + header

기본적으로 SAM output file에는 header가 제외됩니다.

옵션을 통해 output 파일에 header 를 포함시키거나 header 만 출력할 수 있습니다.

 

 -h  : Include the header in the output.

 -H  : Output the header only.

 

samtools view option