Bioinformatics (2) 썸네일형 리스트형 [BAM, SAM, CRAM] SAM file format SAM file은 sequencing 을 통해 얻게 된 reads들을 reference나 assembly genome에 mapping한 결과 파일입니다. BAM file은 이를 binary 형태로 변환한 파일로, 용량을 줄인 형태로 저장 할 수 있게 해주지만 우리가 직접 읽어서 정보를 확인 할 수 는 없습니다! [samtools] bam to sam, sam to bam, bam 파일 변환, samtools view samtools로 sam, bam 파일 간 변환하는 방법 samtools view samtools view 를 통해 bam, sam 파일을 서로 쉽게 변환할 수 있습니다. 1. BAM to SAM, BAM 파일을 SAM 파일 로 변환 bam -> sam 은 간단하게 view 를 통해 바로 변환할 수 있습니다! samtools view [in.bam] > [out.sam] stdout 형태로 화면에 출력되기 때문에 >를 이용해서 output file에 저장될 수 있도록 받아줍니다. -o 옵션을 통해 저장할 수도 있습니다. samtools view [in.bam] -o [out.sam] 2. SAM to BAM, SAM 파일을 BAM 파일로 변환 sam -> bam 은 -b 옵션을 통해 변환할 수 있습니다!.. 이전 1 다음